Madagaskar liegt wie ein Keil vor Afrika: der steil ansteigende Rücken ist gegen den Indischen Ozean gewandt, die Spitze zu einer Hochebene abgeflacht, die sanft gegen Westen hin ausläuft. Dementsprechend können drei grosse Zonen unterschieden werden, die jeweils von Nord nach Süd verlaufen: Ostküste, Hochplateau und Westküste.

Die Ostküste besteht aus einem schmalen Küstenband, das schnell in ein hügeliges Hinterland aufsteigt. Die von diesen Hügeln fliessenden Gewässer finden meist keinen direkten Zugang zum Meer, denn die Meeresküste ist von meterhohen Sandverwerfungen begleitet. So tümpeln die Flüsse erst parallel der Küste entlang, bis sie sich einen Durchgang zum Ozean bohren können. Daher haben sich meeresnahe Lagunen und Seen gebildet, verbunden mit Kanälen und Sumpflandschaften.

Dieser Schwemmlandstreifen zieht als sandiges und bis zu 50 Kilometer breites Tiefland entlang des Meeres. Dahinter erheben sich kleine, längliche bananenförmige Hügel oder seltsam runde Hügelkuppen, die gegen Westen auf ein erstes 800 bis 900 müM gelegenes Stufental aufsteigen. Diese in Nord-Süd Richtung parallel zur Küste verlaufende Rinne ist, vor allem im Zentrum und im Süden, breit ausgebildet und weisst eine Tiefe von mehreren hundert Metern auf. Die Täler des Lac Alaotra oder des Midongy westlich von Vangaindrano sind eindrückliche Beispiele dieses madagassischen Riftvalley.

Von diesem Faltenbruch steigt der Ostabhang erneut steil gegen Westen an bis zum 800 bis 1500 müM gelegenen Hochplateau. Diese Stufe ist östlich von Antananarivo mit der Falaise von Angavo und einem Höhenunterschied von 500 Metern besonders stark ausgebildet. Doch nördlich und südlich davon ist der Anstieg gemächlicher und geschieht über mehrere zwischengelagerte Hügel. Im Norden fällt die Zwischenstufe eines Bruchtals weg, dort kommen die Berge bis ans Meer heran, ebenso im Süden bei Fort-Dauphin.

Hochplateau ist der gebräuchlichste Ausdruck für die Zentralregion Madagaskars von einer mittleren Höhe von 800 bis 1800 müM, benutzt werden auch Hochland oder Hochebene. Doch diese Begriffe können irreführend sein: Das Hochplateau ist sehr variationsreich und keineswegs eine Ebene, wie die Bezeichnung suggeriert. Das Landschaftsbild wechselt zwischen sanften Hügeln und abrupten Abfällen, ist durchsetzt von Granitmassiven, Inselbergen, erloschenen Vulkanen und weist Ebenen unterschiedlicher Grösse und ehemalige Sümpfe auf, die jetzt mit Reisfeldern bebaut sind. Die Erde ist mehrheitlich ocker bis rot, denn das Urgebirge ist von einer 10 bis 80 Meter dicken rotgefärbten, eisenhaltigen Lehmschicht überdeckt. Von dieser dominanten Landschaftsfarbe stammt auch der oft für Madagaskar benutzte Name ‚rote Insel‘, und infolge der starken Erosion sind auch die Flüsse rot und schlammgesättigt.

Das Hochplateau weist ganz unterschiedliche Regionen auf. Im Norden wird es vom vulkanischen Tsaratanana-Gebirge begrenzt (Tsaratanana heisst «schönes Dorf»). Dessen aus Basalt bestehender Gipfel Maromokotra steigt bis zu 2880 müM auf und ist somit der höchste Gipfel Madagaskars. Nördlich davon erhebt sich in der Region von Diégo-Suarez der ebenfalls durch Vulkanismus entstandene Montagne d’Ambre mit seinen vielen Kraterseen und den bis zu 80 Meter hohen Wasserfällen. Auch die Insel Nosy Be weist eine Vielzahl an rezenten Vulkankratern auf, in denen sich inzwischen Seen gebildet haben.

Das weitverzweigte Gebirgsmassiv des Tsaratanana wird im Süden durch einen 600 Meter hohen, passartigen Hügeleinschnitt begrenzt. Diese westlich von Maroantsetra gelegene Schwelle von Androna bildet einen natürlichen Durchgang zwischen Ost- und Westküste und war womöglich die Eingangspforte der ersten Hochlandbewohner auf ihrem Weg von der Küste ins Landesinnere.

Südlich daran schliessen sich die durch eine langanhaltende Erosion ausnivellierten Plateaus (tampoketsa) von Beveromay, Kamoro, Ankazobe und Fenoarivo an. Diese steppenartigen Weiten werden von den Hügeln von Imerina abgelöst, in dessen Zentrum sich der Granithügel von 1468 müM in Antananarivo befindet. Imerina wird im Westen von der Region um den Lac Itasy, einem 750 km² grossen, rezenten Vulkangebiet, begrenzt. Die Kegel und Krater sind noch kaum verwittert, was auf eine Tätigkeit in erdgeschichtlich jüngster Zeit schliessen lässt. In der gleichen Region finden sich auch heute noch aktive Geysire.

Im Süden geht Imerina in das alte Vulkangebiet des Ankaratra-Gebirges über. Dieses 4000 km²  grosse Berggebiet, in dessen dunkles Basaltgestein sich unzählige Bäche und Flüsse eingekerbt haben, weist etliche um die 2400 m hohe Gipfel aus erloschenen Vulkanen auf und steigt mit dem Gipfel von Tsiafajavona bis auf 2644 Meter an und ist somit die dritthöchste Erhebung Madagaskars. (Tsiafajavona heisst: jener, den die Wolken nie verlassen.) Ein latenter Vulkanismus erwärmt auch heute noch die heissen Quellen von Antsirabe. Die eisenhaltigen Böden sind in Antsirabe überlagert von schwarzer, fruchtbarer Vulkanerde.

Die Westküste zieht sich als Streifen von 30 bis 200 Kilometern Breite entlang des Kanals von Mozambique. Mehrheitlich besteht dieses Tiefland aus Ablagerungsgestein von Kreidesandstein und Jurakalken, wird aber auch in Nordsüd-Richtung von Schichtstufen durchzogen, die entsprechend ihrer Gesteinshärte meist sehr ausgeprägt sind. Die nach Westen ziehenden Flüsse durchbrechen diese Schichtstufen und Gebirgszüge in teilweise dramatischen Schluchten, wie etwa die Schlucht des Tsiribihina oder jene des Manambolo. In der Küstenzone haben die Flüsse weite Ebenen angeschwemmt und grossflächige, fruchtbare Deltas gebildet. In diesem rund 2000 Kilometer langen Küstenbogen von Norden über Westen bis hin zum Südosten werden Grossregionen wie Mahavavy, Sambirano, Boina, Ambongo, Menabe, Mahafaly und Androy unterschieden. Sie weisen zwar viele Gemeinsamkeiten, aber auch spezifische Eigenheiten in Geologie, Klima, Flora und Fauna auf.

Ein eigenartiges Gesteinsphänomen bilden die tsingy aus Kalksteinkarst. Das madagassische Wort tsingy heisst ‚auf den Zehenspitzen gehen‘ und dies charakterisiert sehr genau diese verwitterten Steinfelder mit ihren messerspitzen Felsendomen, die nach oben hin bleistiftdünn werden und bis zu 20 Meter hoch sein können. Die tsingy sind zumeist vegetationslos. Nur in kleinen Vegetationstaschen wachsen bizarre, kleinwüchsige Euphorbien und Sukkulenten, die grauen Steinen täuschend ähnlich sind. Unter den tsingy existieren von Wasser ausgewaschene kirchengrosse Höhlen und kilometerlange Gänge, unterirdische Seen und Flussläufe, die oft von blinden Fischen bewohnt werden. Das Naturschauspiel der tsingy findet sich im Westen und Norden Madagaskars in Bemaraha, Namoroka und Ankarana.